物種形成是演化生物學(xué)研究的核心問題之一。同域物種形成（sympatric speciation）是指新物種從同一地域祖先物種中演化而來(lái)，在沒有地理隔離的情況下產(chǎn)生了生殖隔離的過(guò)程。然而，在同域物種形成的早期，物種間頻繁的基因流可延緩甚至逆轉(zhuǎn)種群分化，因此這種物種形成模式一直備受爭(zhēng)議。 　　

雖然同域物種分化具理論可能性，但實(shí)證案例較少。斜口裸鯉（Gymnocypris eckloni scoliostomus）和花斑裸鯉（G. eckloni eckloni）是分布于青藏高原遜木措湖的兩個(gè)姐妹物種，在形態(tài)、食性、繁殖等特性上存在差異，且分化時(shí)間較短（距今約2萬(wàn)年—6萬(wàn)年間），是研究同域物種形成的理想模型，對(duì)同域物種形成的理論研究頗具意義?！　?/p>

中國(guó)科學(xué)院水生生物研究所研究員何舜平團(tuán)隊(duì)等基于基因組學(xué)數(shù)據(jù)，分析兩種裸鯉的遺傳多樣性、系統(tǒng)發(fā)育與遺傳結(jié)構(gòu)、種群動(dòng)態(tài)歷史、基因流、基因組島、選擇強(qiáng)度，輔以理論模擬，提出同域物種形成或是微鄰域物種形成（micro-parapatric speciation）模式。 　　

該研究提出物種形成的地理尺度應(yīng)基于物種形成過(guò)程中的基因流來(lái)界定，比如異域物種形成中不存在基因流，同域物種形成中基因流應(yīng)暢通無(wú)阻。研究發(fā)現(xiàn)物種間存在54個(gè)大基因組島（≥ 100 kb），其總長(zhǎng)度約占所有基因組島總長(zhǎng)度的89.4%。大基因組島（≥ 100 kb）的存在表明在物種形成過(guò)程中基因流受到很大的限制。這與微異域物種形成中不存在基因流模式明顯不同，但大基因組島的存在也不支持同域物種形成模式。理論和最近的實(shí)證研究表明，持續(xù)的基因流應(yīng)該會(huì)產(chǎn)生許多小到幾kb的基因組島。而這種模式與鄰域物種形成的廣泛證據(jù)一致，即相鄰棲息地有利于趨異選擇，同時(shí)也允許基因流動(dòng)，只不過(guò)微鄰域物種形成模式的尺度更小。此外，基因組島處包含一些與嗅覺信號(hào)相關(guān)基因，在魚類的食物選擇和選型交配中或起重要作用?！　?/p>

相關(guān)研究成果以Sympatric or micro-allopatric speciation in a glacial lake? Genomic islands support neither為題，在線發(fā)表在《國(guó)家科學(xué)評(píng)論》（National Science Review）上。 相關(guān)研究工作得到國(guó)家自然科學(xué)基金重大研究計(jì)劃、中科院戰(zhàn)略性先導(dǎo)科技專項(xiàng)、國(guó)家自然科學(xué)基金面上基金等項(xiàng)目的支持。 　

圖1.（A-C）同域，異域和鄰域物種形成的基因流模式；（D）兩種裸鯉魚示意圖