當細胞執行日常功能時，它們會開啟各種基因和細胞通路。麻省理工學院的工程師們現在已經誘導細胞將這些事件的歷史記錄在一條可以用光學顯微鏡成像的長蛋白質鏈中。

被編程產生這些鏈的細胞不斷添加編碼特定細胞事件的構建塊。隨后，這些有序的蛋白質鏈可以用熒光分子標記，并在顯微鏡下讀取，使研究人員能夠重建事件發生的時間。

這項技術可以幫助闡明記憶形成、對藥物治療的反應和基因表達等過程的基礎步驟。

Edward Boyden霍華德醫學研究所研究員，麻省理工學院麥戈文大腦研究所和科赫綜合癌癥研究所的成員愛德華·博伊登說:“在器官或身體尺度上，有很多變化發生在幾小時到幾周的時間里，這些變化是無法隨著時間追蹤的。”研究人員說，如果這項技術可以延長工作時間，它也可以用于研究衰老和疾病進展等過程。Boyden是這項研究的資深作者，該研究發表在今天的《Nature Biotechnology》雜志上。前麥戈文研究所J. Douglas Tan博士后研究員Changyang Linghu是該論文的第一作者。

生物系統，如器官，包含許多不同種類的細胞，它們都有不同的功能。研究這些功能的一種方法是對細胞內的蛋白質、RNA或其他分子進行成像，這可以為細胞的活動提供線索。然而，大多數這樣做的方法只提供了一個瞬間的一瞥，或者對非常大的細胞群不起作用。

“生物系統通常由大量不同類型的細胞組成。例如，人腦有860億個細胞。”Linghu說。“為了了解這些生物系統，我們需要觀察這些大細胞群中隨著時間的推移發生的生理事件。”

為了實現這一目標，研究小組提出了將細胞事件記錄為一系列不斷添加到鏈上的蛋白質亞基的想法。為了創造它們的鏈，研究人員使用了工程蛋白亞基，這種亞基通常不存在于活細胞中，可以自組裝成長絲。

研究人員設計了一種基因編碼系統，其中一種亞基在細胞內持續產生，而另一種只在特定事件發生時產生。每個亞基還包含一個非常短的肽，稱為表位標簽——在這種情況下，研究人員選擇了稱為HA和V5的標簽。這些標簽中的每一個都可以結合到不同的熒光抗體上，這樣就可以很容易地看到標簽，并確定蛋白質亞基的序列。

在這項研究中，研究人員將含有v5的亞基的產生取決于一種名為c-fos的基因的激活，這種基因與編碼新記憶有關。ha標記的亞基構成了鏈的大部分，但只要V5標記出現在鏈中，就意味著c-fos在這段時間被激活了。

Linghu說:“我們希望利用這種蛋白質自我組裝來記錄每個細胞的活動。它不僅是時間的快照，還記錄了過去的歷史，就像樹木年輪隨著時間的推移可以永久存儲信息一樣。”

在這項研究中，研究人員首先使用他們的系統記錄了在實驗室培養皿中生長的神經元中c-fos的激活情況。c-fos基因通過化學誘導神經元的激活被激活，這導致V5亞基被添加到蛋白質鏈中。

為了探索這種方法是否適用于動物的大腦，研究人員對小鼠的腦細胞進行編程，使其產生蛋白質鏈，從而揭示動物何時接觸到特定的藥物。后來，研究人員通過保存組織并用光學顯微鏡分析來檢測暴露。

研究人員將他們的系統設計成模塊化，這樣就可以交換不同的表位標簽，或者可以檢測到不同類型的細胞事件，原則上包括細胞分裂或蛋白質激酶的激活，這些酶有助于控制許多細胞通路。

研究人員還希望延長他們所能實現的記錄時間。在這項研究中，他們在組織成像前記錄了幾天的事件。在可以記錄的時間量和時間分辨率或事件記錄的頻率之間存在權衡，因為蛋白質鏈的長度受限于細胞的大小。

Linghu說:“它能存儲的信息總量是固定的，但原則上我們可以減慢或加快鏈的增長速度。如果我們想記錄更長的時間，我們可以放慢合成速度，讓它在兩周內達到細胞的大小。這樣我們就可以記錄更長的時間，但時間分辨率更低。”

研究人員還致力于對系統進行工程設計，通過增加可以合并的不同子單元的數量，使其可以在同一鏈中記錄多種類型的事件。

Changyang Linghu, Bobae An, Monika Shpokayte, Orhan T. Celiker, Nava Shmoel, Ruihan Zhang, Chi Zhang, Demian Park, Won Min Park, Steve Ramirez, Edward S. Boyden. Recording of cellular physiological histories along optically readable self-assembling protein chains. Nature Biotechnology, 2023